Los límites oficiales del Parque Nacional discurren partiendo de las inmediaciones del Puerto de Navafría y continúanbásicamente por los cordales de los Montes Carpetanos, Cuerda Larga y Siete Picos, dibujando una figura con forma de ancla.
El Plan Rector de Uso y Gestión del Parque Nacional establece una serie de zonas, asociadas a diferentes valores, usos y normativa en cada una de ellas.
La Zona Periférica de Protección del Parque Nacional está destinada a amortiguar los posibles impactos ecológicos o pasajísticos procedentes del exterior del parque.
Las Reservas Hidrológicas son ríos, tramos de río, lagos, acuíferos, masas de agua o partes de masas de agua, declarados como tales dadas sus especiales características o su importancia hidrológica para su conservación en estado natural.
Los Humedales del Macizo de Peñalara están reconocidos como Sitio de Importancia Internacional para la conservación de humedales, conforme al Convenio Ramsar.
Las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) nacen con la única finalidad de preservar las poblaciones de aves catalogadas y de sus hábitats. En el parque nacional hay dos.