Durante varias décadas, el río Manzanares en el ámbito de La Pedriza, sufrió una serie de alteraciones relacionadas con un intenso uso público, entre ellas el baño. Desde 2016 se está estudiando cómo se recupera el río Manzanares tras la limitación del baño.

El Grupo de Ecotoxicología de la Contaminación Atmosférica del CIEMAT está estudiando la sensibilidad de los ecosistemas del Parque Nacional Sierra de Guadarrama a la contaminación atmosférica mediante una combinación de estudios de monitorización en el propio Parque Nacional y experimentos en condiciones semi-controladas para apoyar su conservación en el escenario actual de cambio global.

Una primera aproximación para evaluar el riesgo derivado del depósito de nitrógeno atmosférico en los ecosistemas terrestres de la Red de Parques Nacionales realizada por investigadores del grupo de Ecotoxicología de la Contaminación Atmosférica del CIEMAT evidencia que los hábitats más amenazados son aquellos situados en zonas de montaña, como los de la Sierra de Guadarrama.

El Grupo de Ecotoxicología de la Contaminación Atmosférica del CIEMAT lleva más de 10 años midiendo los niveles de contaminación atmosférica en la Sierra de Guadarrama y en el entorno del Parque Nacional, para determinar el riesgo de efectos sobre sus comunidades vegetales y ecosistemas.

La escalada, al Igual que el resto de actividades que se desarrollan en el medio natural, ocasiona un cierto impacto negativo. En el caso del Parque Nacional, uno de los mayores problemas puede ser la molestia a las aves rupícolas en ciertos periodos críticos.