La fenología, disciplina que estudia la relación recurrente que hay entre el clima y las variaciones producidas en los registros de fenómenos biológicos, puede servir como una poderosa herramienta para la detección de procesos relacionados con el cambio climático de una manera sencilla y precisa. En el parque nacional los seguimientos sobre fenología de aves proporcionan algunos de los ejemplos más claros y evidentes de los efectos del cambio climático.

Existen referencias de al menos 25 especies de murciélagos en el parque nacional y su zona periférica de protección, lo que le define a priori como un sitio de características excepcionales, especialmente para aquellas especies de murciélagos consideradas forestales. A pesar de ello, el conocimiento de este grupo sigue siendo muy escaso por lo que la realización de seguimientos como el que aquí se presenta, tiene especial importancia para la conservación de estos peculiares mamíferos.

El seguimiento de la salinización de cursos fluviales pretende valorar el efecto que ocasiona el empleo de fundentes para la vialidad invernal, sobre los cursos fluviales de alta montaña. Dichos fundentes aplicados en las vías de comunicación, supone un vertido de miles de toneladas anuales, concentrándose principalmente en los puertos de montaña.

El seguimiento del impacto del baño en el río Manzanares evalúa el estado ecológico del río en varios tramos, con el fin de determinar el grado de impacto sobre el ecosistema fluvial, así como la evaluación de la efectividad de las medidas de gestión adoptadas en el año 2016.

Las poblaciones de cabra montés de la sierra de Guadarrama mostraron en las primeras tres décadas desde su introducción un crecimiento desmesurado en el número de ejemplares que provocaron alcanzar valores de abundancia muy por encima de los parámetros naturales mostrados por la especie en otras zonas del territorio nacional.

La sierra de Guadarrama alberga una elevada diversidad de poblaciones de odonatos. El seguimiento de sus poblaciones nos permite evaluar las tendencias poblacionales y tomar las medidas de gestión adecuadas para su conservación.

El parque nacional da especial importancia al seguimiento de las poblaciones de corzo ya que este cérvido constituye una parte importante de la dieta de especies protegidas como el lobo y otros grandes depredadores como el águila real, siendo además un indicador de los usos del territorio y un recurso cinegético en la Zona Periférica de Protección de este espacio protegido.